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Die Handlung findet im Star Wars-Universum statt und handelt von „Galen Marek“, der Darth Vaders Schüler ist und der die letzten übrig gebliebenen Jedi umbringen soll.

Galen Marek wurde von Darth Vader auf der Suche nach verbleibenden Jedi auf dem Planeten Kashyyyk gefunden. Vader bemerkte dessen Potential in der Macht und machte ihn heimlich zu seinem Schüler, der den Namen „Starkiller“ erhielt. Später, nach Jahren der Ausbildung, enthüllte Vader seine Absichten: Galen Marek soll zunächst die Jedis töten und anschließend den Imperator selbst. Jedoch entdeckt der Imperator die Existenz des heimlichen Schülers und verlangt von Vader ihn zu töten. Vader folgt dem Befehl scheinbar, indem er Starkiller im Weltraum aussetzt. Heimlich lässt er ihn aber retten und beauftragt ihn mit neuen Aufgaben: Starkiller soll die Gegner des Imperators zu einer Rebellion ermuntern, um den Imperator zu stürzen. In dem Augenblick, in dem einige Senatoren mit Starkiller eine Rebellion gründen wollen, taucht Vader auf. Er lässt alle Senatoren wegschaffen und greift auch Starkiller an. Dieser erfährt nun, dass der Imperator und Vader nur die Absicht verfolgten, alle Gegner des Imperators ausfindig zu machen. Starkiller kann entkommen und begibt sich zum Todesstern, um die Senatoren zu retten. Schließlich können die Senatoren fliehen, aber Starkiller muss gegen den Imperator kämpfen, um die Flucht zu ermöglichen. Er stirbt dabei. Die Senatoren können ihren Plan, eine Rebellion zu gründen, fortsetzen. Die Handlung ist daher zwei Jahre vor den Ereignissen in Krieg der Sterne angesiedelt.

Das Spiel bietet auch ein alternatives Ende. Greift der Spieler statt des Imperators Darth Vader an, kann er ihn töten und dessen Platz einnehmen.