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Der Protagonist der Geschichte ist Zack Fair, SOLDAT der Spezialeinheit Shinras.

Dank ihres Monopols an Mako-Energie und Militäreinsatz wächst die Kontrolle des Shinra-Energiekonzerns über die Welt stetig. Der Hauptsitz Shinras liegt in Midgar, einer durch den Einfluss Shinras ständig wachsenden Mako-Stadt, und Zeichen Shinras unglaublichen Reichtums.

Die Organisation besteht hauptsächlich aus Söldnern, die in verschiedene Ränge aufgeteilt sind. Höchster Rang in dieser "SOLDAT" genannten Einheit ist die Erste Klasse, zu der Angeal gehört. Zack Fairs Ziel ist es, diese Klasse zu erreichen. Geleitet wird der Konzern von dem Shinra-Boss, auf den in Final Fantasy VII näher eingegangen wird. Zack Fair arbeitet hart, um seinen Traum zu verwirklichen. Er trainiert jeden Tag mit seinem Lehrer Angeal.

Zu dieser Zeit kommt es zu einem Zwischenfall: Genesis, ein Erste-Klasse-SOLDAT, verschwindet auf einer Mission in Wutai zusammen mit vielen anderen Soldaten. Die Shinra Corp. entschließt sich, eine SOLDAT-Einheit loszuschicken. Diese besteht unter anderem aus Angeal, Zack und Sephiroth, der allgemein als Held auf der ganzen Welt bekannt ist.

Während des Spiels trifft Zack auf Aeris, wird bester Freund von Cloud, und findet die Wahrheit über Genesis und Angeals Herkunft heraus, das Projekt G., welches von Sephiroth missbilligt wird und seinen Hass gegenüber Shinra begründet. So werden Fragen beantwortet, die bei Final Fantasy VII offenblieben und neue Tatsachen dargestellt. Dort bemerkt Zack das Angeal und Genesis sowie auch Hollander einen jeweils schwarzen oder weißen Flügel haben. Sie brauchen so genannte "S-Zellen" um die Degradierung von ihnen zu stoppen. Nach dem Kampf mit Sephiroth werden Cloud und Zack in Professor Hojos geheimes Labor in der alten Shinra-Villa in Nibelheim als Versuchspersonen in Mako-Kapseln gesteckt. Zack kann sich nach 4 Jahren mit etwas Hilfe befreien, doch Cloud ist auf Grund einer Mako-Überdosis bewegungsunfähig. Inzwischen wurden Zack und Cloud in der Shinra-Akte für Tod erklärt. Das heißt man will ihren Tod und deswegen werden sie nun fortlaufend von Shinra-Soldaten angegriffen. Zack kann bis nach Banora flüchten.

Im aller letzten Kampf verwandelt sich Genensis mit Hilfe der Energie aus dem Lebensstrom zu Genesis-Avatar. Doch Zack kann ihn besiegen und Genesis´ Degradierung wird gestoppt. Nach dem Kampf wird Genesis von 2 unbekannten Personen in einem Helikopter fortgebracht. Zack selbst macht sich zusammen mit Cloud auf den Weg nach Midgar, um dort Aeris wieder zu treffen,die beiden werden jedoch von der Shinra Armee gestellt woraufhin es zum Kampf kommt. Zack kämpft aber vergebens, denn ihm gegenüber stehen mehr als 50 Leute. Er verliert seine Kraft und bekommt 5 Kugeln in die Brust. Cloud erwacht schließlich wieder, kann Zack jedoch nicht mehr helfen. Zack gibt Cloud sein Panzerschwert und macht ihn zu seinem "Lebensvermächtnis". Zuletzt stirbt schließlich Zack und geht in den Lebensstrom über.